工作合同上有未做满三个月扣百分之二十工资的

此条款合法性需依合同约定判断，若无约定则违法。《劳动合同法》规定，工资应按时足额支付，无故扣款违法。若条款不合法且未及时更正，可能导致员工权益受损，引发劳动争议。
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条款合法性需评估。操作如下：1.查阅合同，确认扣款条款是否存在及合理性；2.若不合法，与雇主沟通要求修改；3.沟通无果，向劳动监察投诉，并提供合同证据；4.必要时，申请劳动仲裁，依据法律维权。
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处理此问题可协商、投诉或仲裁。应先尝试与雇主沟通协商；若无果，可向劳动监察部门投诉；仍无法解决时，可申请劳动仲裁，依据《劳动合同法》维护自身权益。