学校内16岁学生与同学发生性关系怀孕，该如何妥

应首先确认性关系是否自愿，再依法处理。若涉及未成年人非自愿，则行为人可能涉嫌犯罪，依据《刑法》需承担刑事责任。未及时处理可能导致法律后果加重，影响未成年人身心健康。
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处理方式需根据具体情况定，可报警、协商或寻求法律援助。若涉及犯罪则报警；若双方自愿，可协商处理后续事宜，如赔偿、抚养等；复杂情况建议寻求专业律师帮助。
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需分情况处理。1.若非自愿，立即报警，保护受害者权益；2.若自愿，双方及家长协商，考虑流产或抚养，遵守《计划生育条例》；3.涉及法律纠纷，咨询律师，明确责任，依法处理。